Początkowo był drewnianą, cmentarną kaplicą, gdzie oprócz mieszkańców podmiejskiego Przygrodzia, grzebano również ofiary nawiedzających miasto epidemii. W XV wieku za czasów Spytka Tarnowskiego był już kościołem. Znajdował się na Przygrodziu, obok Bramy Przemyskiej, ale poza murami miasta, u zbiegu ulic 3 Maja i Przemyskiej.
W 1573 roku drewniany kościół był już bardzo zniszczony, z tego powodu za właścicielki miasta Zofii Kostkowskiej świątynia została gruntownie przebudowana i powiększona. Pod względem administracyjnym należał do kolegiaty jarosławskiej. Posiadał wieżyczkę w formie kopuły. W głównym ołtarzu, w górnej kondygnacji umieszczony był obraz Trójcy Świętej, w centralnej zaś obraz św. Zofii z trzema córkami. Posiadał tęczę z krzyżem i postaciami Matki Bożej Bolesnej i św. Jana.
Wewnątrz kościoła były obrazy św. Rocha, Sebastiana, Walentego i Łukasza Apostoła. Obok kościoła stałą dom księdza, przytułek dla ubogich i chorych oraz szkółka miejska dla dzieci z przedmieścia. W 1638 roku ustanowiono tu prebendę, a w 1685 roku podniesiono ją do godności kanonii. Obowiązkiem duszpasterza było odprawiać Msze św. dla ludzi z przedmieścia i za dusze zmarłych, pogrzebanych na przykościelnym cmentarzu. W 1725 roku cmentarz znacznie poszerzono. Pod koniec XVIII wieku drewniany kościół św. Zofii chylił się ku upadkowi. Parafia jarosławska, mając własne problemy finansowe nie interesowała się kościołem, który zaczął popadać w ruinę.
W 1789 roku kościół św. Zofii rozebrano. Opuszczony cmentarz z czasem również zlikwidowano i na jego terenie wybudowano domy. Na początku XX wieku istniało jeszcze prezbiterium świątyni, zamienione na szopę, z której było wejście do krypty grzebalnej.
Jarosławskie Stowarzyszenie „Ocalić Przeszłość dla Przyszłości